圣保罗教堂位于马六甲河口的升旗山（又名西山，满刺加国王拜里迷苏拉曾将明成祖赠送的金龙文笺在山上勒石树碑，后改名为圣保罗山），为葡萄牙人所建。著名传教士圣方济各埋葬于此，教堂前竖有圣芳济各神父塑像。1670年荷兰人占领马六甲后，将教堂用作城堡，今天在外墙上仍可见到不少子弹孔。1753年，荷兰人另建了一座教堂，而圣保罗教堂则做为荷兰贵族的墓地，现在仍保留了一些刻有拉丁文和葡萄牙文的墓碑。在教堂内有一墓穴，是1553年圣芳济各的临时墓地，传说圣芳济各死后肉身不坏，荷兰人不信，起其尸体，斩其右手，血流如注，后人确信此事，遂把他的尸体移葬在印度的果亚。
    “圣保罗教堂”是马六甲市的象征，建在马六甲要塞的一座不高的山上，遥对浩渺无边、风光迷人的马六甲海峡。山上山下观光的人流络绎不绝。由葡萄牙将军Duarte Coelho建立，此教堂曾为荷兰人占领并将它变为一个贵族的墓园，并改名为圣保罗教堂，它与圣地亚哥城堡同时建成，与城堡用的是同一种建材，也是欧洲人在东南亚修建的最古老的教堂。几经战乱，现已面目全非。圣保罗教堂位于马六甲河口的升旗山。
    1521年时，一位葡萄牙将军在此兴建一座小教堂，他希望它会是这座城市中最先进的天主教堂。当荷兰人接管马六甲后，它被改称为圣保罗教堂。1753年 CHRIST教堂建造完毕，圣保罗教堂就被弃而不用。后来，荷兰人将它改为埋葬有名望的人之墓园。圣保罗教堂里有一座圣法朗西斯的坟墓，他生前经常到访这间小教堂。1553年时，他被埋葬于此，后来，他的遗体才被移往印度的GOA 。这里竖立了一座圣法朗西斯的大理石雕像，为纪念他400多年前曾经到此居留，并作出他的贡献。站在山丘的教堂上，可以俯瞰整座城市。